1996年，为了实现农业银行的商业化转型以及强化农信社的合作属性，农信社正式与农业银行脱钩，转而作为独立法人经营的金融机构，由人民银行直接承担对其监督管理的职能。
2000年8月，在中国人民银行的批准下，江苏省率先开展了农信社改革的试点工作，并于2001年9月组建了全国第一家省联社——江苏省农村信用联合社。
2003年6月，国务院印发《深化农信社改革试点方案的通知》，开启新一轮农信社改革，成立省（自治区）农村信用社联合社，将农信社管理权下放省级政府。
2012年7月，中国银监会发布《关于规范农村信用社省（自治区）联合社法人治理的指导意见》，对省联社进行改革，并鼓励农合行、农信社改制为农商行。经过改革，农信社历史包袱大大减轻，经营实力和管理水平显著提升。
农信社内外部环境发生巨大变化，农信社体制机制上深层次的问题逐步显现：省联社定位不清、功能不足，难以适应管理与服务农信机构的现实需要；农信社改制农商行之后，公司治理等仍然“形似而神不似”，部分机构规模小、实力弱；少数农信社资产质量下行压力较大，化解不良、防控风险面临严峻挑战。此外，面对金融科技快速变化，农信机构观念、技术、人才等存在短板，部分农信社难以适应。
在此背景下，省联社行政化管理体制与农商行商业化的法人治理间的问题开始日益凸显，已成为当前困扰农信机构发展的重要制度因素。
改革要做到坚守“三条底线”
一是“长期稳定”底线。依法保护产权，在保持股权总体稳定的前提下，持续优化股权结构。通过大股东减持、增资扩股、扩大开放等方式，引进注重机构长远发展、资本实力雄厚、管理经验丰富的战略性股东。深化中小金融机构改革，必然进行许多兼并重组，但社会资本占主体的格局不会改变。
二是“透明诚信”底线。严格规范股权管理，严格审查股东资质，有效识别主要股东及其控股股东、实际控制人、关联方、一致行动人、最终受益人，提高股权透明度。
三是“公平合理”底线。切实加强股东行为约束，进一步规范股权质押、股份转让等行为，严格控制关联交易，严格约束控股股东行为，防止控股股东不当干预机构经营，侵犯中小股东利益。按照依法合规、分类处置、稳妥推进的原则，有序处置存量不合规股权。
改革的路径选择
金融控股公司模式。从股权关系来看，金融控股公司模式也属于自上而下的模式，通过向社会募集资本，组建以国有资本为主、集体及民营资本为补充的省一级控股集团，进而向下参股农商行，通过股权的形式将辖内农信社联结起来，实现协同效应和规模效应，在增强农商行资本实力的同时，充分发挥国有资本对农商行服务三农的战略引领作用。
在改革具体实施中，需要注意以下几点。
优化激励约束机制
农信社改革，还有一点要重点关注——激励机制。改革过程中需要把激励机制和社会责任两者平衡，同时做到一种更好的结合，往往人们强调社会责任，但是如果激励机制设计得不合理，会影响普惠金融的财务可持续性，会影响积极性究竟向哪个方向发挥；甚至弄得不好，鼓励了一些“冒牌”的活动。
按照收益与风险兼顾、长期与短期并重、精神与物质兼备的原则，不断完善业绩考核机制，有利于可持续发展和战略目标实现。综合考虑社会经济发展、市场变化及自身发展战略、风险偏好等因素，完善考评指标体系，淡化规模指标，突出质量、风险、合规指标。对于可能产生重大风险的岗位、对稳健发展具有重大影响力的人员，应实施薪酬延期支付制度。要加强对高管相关信息的披露，建立健全薪酬管理外部监督机制。积极探索多种激励方式，对高管人员和基层员工，都要更加重视精神鼓励方式的探索和创新。
完善公司治理是金融企业改革的重中之重
其次，管理部门要把公司治理作为基础性的监管要求。必须以更加有效的手段推进公司治理监管工作。持续关注银行保险机构党的领导和公司治理一体化情况，确保有关法律法规和党章党纪得到贯彻，现代企业制度落实落细。
第三，要把加强党的领导和党的建设落到实处。除少数中央金融机构之外，绝大多数银行、保险和信托机构党的关系在地方。要针对党的领导虚化弱化情况，首先从政治上组织上强化党的建设。把党的领导融入公司治理各个环节，确保党中央各项决策部署得到有效贯彻执行。从各机构实际出发，积极探索党组织发挥作用的具体途径和方式，团结各方，凝聚共识，推动落实“三会一层”决议。
第四，依法清理规范金融企业股权关系。金融管理部门要配合各级地方政府，认真做好城商行、农商行、农信社等金融机构的改革和整顿工作。
第五，充分发挥市场、中介机构和各方面利益相关者的监督作用。金融市场的各方主体、中介机构和所有利益相关者都是促进公司治理的重要力量，要着力构建发挥其监督作用的机制措施。
- 一是加强对客户、员工、交易对手、上下游供应主体合法权益的保护，尊重利益相关者权利，建立救济机制，鼓励员工参与公司治理，保障知情权，支持投诉举报，保障债权人利益。
- 二是鼓励各类基金、理财、证券机构主动关注金融企业公司治理状况，支持会计师事务所、律师事务所、信用评级公司，更积极主动地指导、帮助、督促金融企业完善公司治理，在遵守商业原则的同时履行更多社会责任。
- 三是完善信息披露方面的法规，特别是进一步细化对大规模投资者披露利益冲突的要求，规范信息披露的范围和内容，提高信息披露质量，推动股本的市场价格真实反映公司治理状况。
- 四是强化公众对银行保险机构的监督，建立长效机制，督促其主动接受新闻媒体和社会舆论监督。
多渠道防控各类风险
- 一是落实省级政府属地风险处置责任，建立多级风险防控与处置机制，探索风险准备金制度。
- 二是由省联社（农商联合银行）牵头，在全省建立风险互助和流动性互助机制，提升法人行社风险防控能力。
- 三是实施全面风险管理，健全农信机构事前、事中、事后全流程风险管理机制，降低增量风险。
- 四是拓宽不良资产处置渠道和方式，综合运用批量转让、证券化、债转股等手段消化存量不良。
